Webページ用のファイル群をディレクトリ~/public_htmlに漫然と格納するのではなく、適切な名前のディレクトリを作成し、関連し合うファイル群をまとめて整然とファイル管理を行うことが大切である。
左図で、ファイル~/public_html/index.htmlの役割を考えてみよう。
~/public_html直下にあるファイルindex.htmlには用意したすべてのWebページに関する総目次を記載しておく。
一方、~/public_html内のディレクトリsportやmusicにある~/public_html/sport/index.htmlや~/public_html/music/index.htmlにはそのディレクトリ内にあるWebページの目次を書いておくのである。
imageはそれらのディレクトリにあるWebページが利用する画像ファイルを格納している。
こうしておけば、HTMLファイルや画像ファイルのリンク関係がはっきりするだけでなく、管理も容易となる。
また、公開するWebページと非公開のWebページはそれぞれのディレクトリ内部に置かれるアクセス制限ファイル .htaccessによって制御されるために、それぞれ別のディレクトリに格納しておく必要があるので、さらにディレクトリの作成には工夫を要する。